本发明提供了一种自动的牙颌数字模型分割方法，属于牙齿正畸技术领域，包括以下步骤：获取患者的牙颌数字模型；对牙颌数字模型进行简化；对牙颌数字模型进行坐标系标准化及特征提取；将牙颌数字模型输入到深度学习模型进行牙齿分割，此处深度学习模型需要两个步骤的使用操作，第一步是深度学习模型的训练过程，主要包括：首先将获取的患者牙颌数字模型进行简化，去除没有意义的多余三角面片；其次对牙颌数字模型进行坐标系标准化及特征提取，此处提取的特征信息是作为深度学习模型的信息源，是分割的主要依据；然后，将提取的特征信息输入到深度学习模型中进行训练，使深度学习模型自动学习到合适的超参数，形成能实现牙齿分割的深度学习模型；最后，将牙颌数字模型简化、牙颌数字模型坐标系标准化及特征提取、能实现牙齿分割的深度学习模型的结构和超参数进行记录。通过此方法可以自动高效的将牙颌数字模型进行分割，为后期的牙齿正畸诊断、虚拟排牙等步骤提供基础。