本发明公开了一种基于云边协同的综合能源环保系统，包括云端控制中心、本地控制中心、本地能源系统和本地环保系统；所述云端控制中心部署于为企业提供综合能源环保系统的系统集成公司处，本地控制中心、本地能源系统、本地环保系统部署于工业企业处，云端控制中心与多个本地控制中心远程连接，每个本地控制中心均连接并控制本地能源系统和本地环保系统；本发明还公开了其控制方法，本发明的采用了本地控制中心和云端控制中心双重控制，有效解决因为本地控制中心算力不足导致的无法及时依据约束条件的变化实现目标函数的问题；由于云端控制中心连接多地的本地控制中心，实现了实时采集大量系统运行数据，构成大数据技术分析的基础。