本发明属于动物粪便处理领域，公开了粪便处理剂及其处理含鸡盲肠芯粪便的方法和应用，该粪便处理剂包括以下组分：次氯酸钠、枯草溶菌素、纤维素酶和水溶性助剂；水溶性助剂为聚乙二醇或丙二醇正丙醚中的一种或两种。本发明对粪便加水混合后得到的粪液采用粪便处理剂进行处理，粪液中的盲肠芯主要是盲肠脱落的上皮组织以及饲料中未消化的纤维素，这些使得盲肠芯坚硬且结实，而粪便处理剂中的枯草溶菌素和纤维素酶能水解其中的上皮组织和未被消化的纤维素，使盲肠芯变得松软，再通过对粪液进行超声波空化处理，使盲肠芯充分细碎化并释放出其中的柔嫩艾美耳球虫卵囊。