本发明提供一种内窥镜系统，包括：摄像单元、冲洗单元及图像处理单元；摄像单元设于内窥镜的头端，摄像单元包括多个摄像模组，多个摄像模组分别用于采集待观测部位的图像信息；冲洗单元具有冲洗口，冲洗口设于内窥镜的头端，并朝向各个摄像模组的镜头；图像处理单元用于基于对多个摄像模组采集的图像信息的处理，判断多个摄像模组的镜头上是否有异物，在所述多个摄像模组当中至少一者的镜头存在异物时，控制冲洗单元对各个摄像模组的镜头进行冲洗。本发明可快速准确地对内窥镜的多个摄像头进行清洁度判定，在各个摄像模组的镜头出现异物时，能够对镜头进行自动冲洗控制，减轻了操作者的操作负担。