本发明公开了小型分散作业智能管控系统及其运行方法，包括数据信息采集模块、动态分析判断模块和协作控制模块，所述数据信息采集模块用于采集环境数据信息和水稻稻谷相关数据信息，所述动态分析判断模块用于分析稻谷、谷粒生长情况和计算平均切割高度，所述协作控制模块用于根据水稻的平均切割高度进行切割维度和谷粒打击力度的实时调整控制，所述数据信息采集模块与动态分析判断模块电连接，所述动态分析模块与协作控制模块电连接，通过扫描采集稻田和切割环境数据信息，计算不同状态下水稻的平均切割高度，在收割过程中根据不同状态自动实时调整切割高度，以及对谷粒脱落时的打击力度控制，本发明，具有实用性强和可控性高的特点。