本发明提供一种移动存储设备的加密方法、数据传输方法及装置，其中的加密方法包括：在移动存储设备接入终端时，基于移动存储设备的可用存储空间中设置交换区与安全区的大小；确定终端可用的第一空闲盘符和第二空闲盘符，并确定第一空闲盘符标识交换区，确定第二空闲盘符标识安全区；将终端内核中的交换区设备对象挂载至第一空闲盘符标识的交换区，将终端内核中的安全区设备对象挂载至第二空闲盘符标识的安全区；对安全区进行加密。本发明使得基于移动存储介质的文件流转在保证安全性的前提下，提升内部环境中流转文件便利性。