本发明公开了一种分层施用的盐碱地改良菌剂及其分层施用方法和装置，涉及盐碱地治理技术领域。针对盐碱地板结和微生物少问题，将深松和菌剂施用结合到一起，同时考虑微生物随深度变化，制备三种菌剂，与肥料混合通过施用装置施用至不同土层，能提高土壤蓄水洗盐效果，增加盐碱地微生物活性，实现资源利用最大化与土壤盐碱改良最优化；施用装置通过可将不同改良剂导入对应的土层中，施肥量随横向排肥管展开角度变化，自动调节施肥量，避免肥料堵塞，或进入中部沟壑、落入下方的土层，避免了肥料在土壤深处局部施撒过量的现象，使肥料尽可能多地施肥其对应的土层中，实现精准施肥。