本发明提供了一种微流控样本保存芯片及胚胎活检细胞处理方法。该微流控样本保存芯片包括微流控样本保存芯片本体；本体设有与外界连通的活检细胞进样孔、胚胎培养液进样孔和出样孔，本体内设有第一流体通道、第二流体通道、混匀通道和存储仓，存储仓能够实现可视化；第一流体通道和第二流体通道的入口端分别与活检细胞进样孔和胚胎培养液进样孔连接、出口端均与混匀通道连接；混匀通道出口端与存储仓连接，存储仓出口端与出样孔连通。该微流控样本保存芯片通过第一流体通道、混匀通道、活检细胞进样孔、存储仓尺寸及相对位置控制实现自活检细胞进样孔加入的胚胎活检细胞通过虹吸作用自主进入存储仓中进行存储，并能够实现胚胎培养液样本的存储。