本发明公开了一种土地利用效益评估方法及系统，属于土地资源管理和城市规划领域，通过汇总待评估区域内批而未供土地和闲置用地的土地闲置时间成本，得到待评估区域的土地因闲置所造成的价值损失，即土地利用社会成本；通过统计评估时段内待评估区域已建设用地的二三产GDP，得到待评估区域的土地利用经济产出；通过量化待评估区域已建设用地的公园绿地生态服务价值，得到待评估区域的土地利用生态产出；本发明分别从社会、经济、生态三个方面对土地利用的收益或成本进行量化，集成后得到待评估区域的单位面积土地净产出，进而对土地利用效益进行评估，该方法计算简单，数据容易获取，能够简单高效地对土地利用效益进行评估。