本申请提供了一种疼痛等级评估方法及系统，所述方法通过疼痛样本、对照样本以及诱发样本的样本数据，建立各样本数据对应的脑网络，并计算各脑网络模型的拓扑属性值，得到疼痛样本数据对应的脑网络相对于对照样本数据对应的脑网络的动态性变异梯度属性和各脑区参与疼痛感知的权重值，从而得到动态疼痛标志物，根据动态疼痛标志物，可以准确、定量评估慢性疼痛患者大脑对疼痛的感知程度。本申请提供的方法及系统通过脑区的动态性变异梯度属性可以直观反映疼痛样本相较于对照样本的变异性，且通过求得的各脑区参与疼痛感知的权重值可以有效去除慢性疼痛的病理性影响，求得的动态疼痛标志物更聚焦于躯体感知层面，得到更为客观的疼痛等级评估结果。