本发明提供了一种蓝藻深度脱水方法，包括，将经过藻水分离站分离出的蓝藻泥加入高压反应釜中并进行密封；通过手动高压柱塞泵对反应釜进行增压；开启反应釜对蓝藻泥进行搅拌，同时通过油浴或高温蒸汽加热系统进行加热，维持在一段预设的时间后停止搅拌并降至常温常压；收集处理完成的蓝藻浆液加入高压压滤装置，在不添加额外药剂的条件下进行压滤，得到含水率为40％‑50％的蓝藻泥滤饼。本发明的有益效果在于解决了经藻水分离站分离出的蓝藻泥含水率高，长期堆放容易腐臭变质，造成环境污染，减量化及资源化利用不足等问题，真正实现蓝藻的减量化及资源化利用。