本发明提供一种自动触发的磁浮轨道在线监测系统，包含：数据采集模块，其常态为休眠状态，用于采集磁浮列车经过监测点时的轨道状态参数；自动触发模块，其基于与监测点位置对应的至少一个定子段的电流信号生成第一、第二触发信号；所述第一触发信号用于在磁浮列车到达所述监测点前驱动数据采集模块开始工作，磁浮列车到达监测点时，数据采集模块已经进入稳定工作状态；所述第二触发信号用于在磁浮列车离开监测点后驱动数据采集模块进入休眠状态。本发明还提供一种自动触发的磁浮轨道在线监测方法。本发明能够在列车接近监测点时提前自动触发数据采集模块，保证数据采集模块采集有效数据并具有足够的响应时间，本发明的系统功耗低，使用寿命长。