本申请适用于治疗仪技术领域，提供了一种脉冲输出控制方法、装置、治疗仪及存储介质，所述脉冲输出控制方法包括：获取用户选择的目标处方类型和目标档位，所述目标档位是指脉冲电压强度档位；根据所述目标处方类型，确定所述目标处方类型对应的N个脉冲类型以及每个脉冲类型对应的输出频率；根据所述目标档位和所述每个脉冲类型对应的输出频率，确定所述N个脉冲类型分别对应的脉冲信号；获取所述目标处方类型对应的N个脉冲类型的输出顺序，并按照所述的输出顺序，输出所述N个脉冲类型分别对应的脉冲信号。上述方案可以通过多种不同频率的脉冲信号的切换治疗对人体产生更好的治疗效果。