本发明公开了一种设置有超滤反渗透系统的污水处理系统，包括依序设置的初处理系统、生化处理系统和深度处理系统。本污水处理系统适合烟草企业进行生产污水处理与再利用；基于车间原有污水处理设备经创新改造后形成，整个改造过程遵循节约能源、节约用地、节约成本的原则，最大限度的对现有的设备进行恢复、利旧；初处理系统工艺可去除废水中大量烟丝和烟梗；生化处理系统工艺可进行COD、BOD、氨氮的降解，确保出水水质满足《城市污水再生利用城市杂用水水质》；深度处理系统“袋式过滤器+超滤装置+反渗透装置”工艺出水满足《生活饮用水卫生标准》，工程中产生的少量浓水满足《城市污水再生利用城市杂用水水质》。