本发明公开了一种基于presto的跨金融机构的异构数据风险分析方法及系统，包括编写模块、数据库模块、任务模块、Presto查询模块和展示模块；所述数据库模块连接编写模块，并用于存储用户在所述编写模块中编写的模型SQL，所述任务模块用于用户在所述数据库模块中查询时生成查询任务，在所述的任务模块中生成的查询任务在所述Presto查询模块中进行计算对比；在所述的数据库模块和任务模块之间设有任务编号管理模块；该基于presto的跨金融机构的异构数据风险分析方法及系统，能够进行跨数据库的复杂查询分析，查询结果根据任务编号进行匹配，能够有效的防止大量的并发查询造成关联问题，保证了查询申请和查询结果的一致性。