本发明提供了一种食品加工废水厌氧氨氧化法去除总氮系统及工艺，属于废水处理技术领域。包括首尾依次连通的用于食品加工车间的废水初滤的格栅、用于废水油脂回收的隔油池、用于溶解状态油脂去除的气浮机、用于调节废水酸碱度的调节池、用于废水厌氧处理的厌氧反应器、将废水中的总氮转化为氮气排出的厌氧氨氧化反应器；本发明采用厌氧氨氧化法处理高氨氮废水，可以大大降低运行费用和污泥的产量，并且可以产生具有经济价值的厌氧氨氧化菌种，同时，由于厌氧氨氧化菌属于自养型，不需要额外碳源，节省了投加碳源的费用；较低的溶解氧会大幅降低曝气风机的能耗，完善的检测装置及精确控制保证了系统的稳定运行。