本发明涉及一种高通量柔性电极的辅助植入装置及组装方法，辅助植入装置用于辅助柔性电极插入生物体脑内，包括：多个钨丝，用于一一对应固定柔性电极的外露电极；双光子模具，所述双光子模具为通过双光子打印形成的具有多个平行且等间距设置的开口凹槽的模具，所述开口凹槽用于放置钨丝，所述开口凹槽之间的间距与所述柔性电极的外露电极之间的距离相同，所述开口凹槽的宽度和所述钨丝的宽度匹配，所述开口凹槽的长度小于所述钨丝的长度。通过设置双光子模具，使得钨丝可以平行且等间距的分布在双光子模具上，便于柔性电极等间距的固定在钨丝上，有效保证柔性电极的植入效果；解决了现有技术中由于钨丝不平行或间距不相等，影响植入效果的问题。