本发明提供了一种疫情传播链图的生成方法、系统、存储介质及设备，所述方法包括：获取预设时间内的疫情信息，对所述疫情信息进行解析，确定至少一关键传染源，获取所述关键传染源的关键节点信息；基于所述关键节点信息，确定与所述关键传染源相互关联的若干个扩散传染源；建立所述关键传染源与若干个所述扩散传染源之间的关联映射关系，获取所述关键传染源到扩散传染源的传播路径；基于预设的图元选取规则，确定若干个符合所述关联映射关系的链图图元，以通过所述链图图元将所述关键传染源与扩散传染源之间的传播路径进行连接，从而对应生成疫情传播链图。本发明能够解决现有技术中的疫情传播链图的生成存在效率不高的技术问题。