本发明属于农业高效节水灌溉技术领域，涉及一种防止滴灌系统灌水器堵塞的磁化控制装置及控制方法，方法包括：灌溉水由第一水泵从水源工程处抽出，经滴灌首部控制枢纽，进入水池；灌溉水由第二水泵抽出，流过第一铜阀、磁化管道；经磁化器处理后的灌溉水依次通过流速监测仪和第一阀门回到水池；当灌溉水的水质满足进入到毛管内的水质要求时，第二水泵关闭，停止循环磁化处理；第三水泵开启；经过循环磁化处理后的灌溉水由第三水泵从水池中抽出，经过网式过滤器，再通过第二阀门进入支管及毛管；灌溉水从灌水器中流出，进行灌溉。本申请有效解决滴灌系统灌水器堵塞问题，具有清洁和高效的优点；提升作物产量和品质，运行方式简单，用户操作便捷。