本发明公开了一种自供能的水体硝酸根微生物电化学检测方法。本发明检测方法采用的微生物电化学传感器包含一个用于驱动的微生物燃料电池，和一个用于硝酸根检测的微生物燃料电池；串联驱动电池与检测电池，利用驱动电池为检测电池的生物阴极供能，提高其电极电势，强化检测性能。本发明建立一种微生物燃料电池堆栈的生物阴极电压调控策略，使生物阴极的工作电压在检测过程中动态维持在可充分保证检测性能的区间。