本发明公开了一种多域灵活的通信柔性转发处理系统，其中，星上时间基准产生模块根据系统的交换关系自主产生动态交换所需要的时间控制信息以及对地时间基准广播信号，并在规划的子带对地面广播时间同步信号；其次，同步化动态综合交换模块在时间基准产生模块产生的周期性控制信号的控制下实现动态的信道化交换，支持不同时间下各端口子带的不同映射关系；最后地面设备通过测量两个连续时间广播信号之间的时间差值，与交换周期计数器里给出的值进行对比计算频率和时间的校准参数并进行补偿，实现星地同步。该方法实现了时域与频域相结合的动态灵活转发，进一步提升频率资源的使用效率和组网灵活性。