本发明公开了一种提高燃料电池系统绝缘电阻的方法，涉及燃料电池绝缘技术领域；具体包括物理隔离，将电堆壳体的内外层喷涂耐热性绝缘涂料，在电堆底层增设绝缘垫层后再与金属支架固定，电堆除湿，将电堆的壳体内部，均匀的设置吸附性除湿件，接头防护，于电堆正负极与高压负载的导线连接处采用凹凸插头形式配合，并且于凹凸插头外侧包裹绝缘凝胶后，利用绝缘胶带缠绕。本发明首先对燃料电池的电堆壳体进行绝缘喷涂，增加其外表面的物理绝缘性能，其次在电堆壳体的内部，放置吸附除湿件，可将电堆反应时溢出的水汽进行吸收，提高了其内部的干燥度，从而防止水汽冷凝成水，进一步增加了电堆的绝缘性。