本申请涉及水利工程的领域，尤其是涉及一种湿地生态区水平衡系统及施工方法，其包括环水槽、蓄水池、蓄水模块、水源基槽及周围的土壤层，环水槽开设于土壤层表面，且环水槽环绕于水源基槽外，环水槽顶部与水源基槽顶部连通，蓄水池顶部低于环水槽底部，环水槽与蓄水池之间设置有虹吸组件，且用于将环水槽中的水输送至蓄水池，用于吸取土壤层地下水的蓄水模块埋设于土壤层内，蓄水模块设置有多个，多个蓄水模块环绕于土壤层外围，蓄水模块与蓄水池之间连通设置有回流管，回流管上设置有泵体。本申请湿地湿度增大时，环水槽和蓄水模块分别吸收土壤层地上水和地下水，并实现水循环调节水平衡，减少湿地水分流失，改善了湿地生态区的水平衡状态。