本发明公开了一种中央排管的管道自动消毒系统及方法，所述中央排管的管道自动消毒系统包括负压设备、诊疗终端设备、气水分离器、管道自动消毒设备、进风设备和控制设备。通过设置气水分离器和管道自动消毒设备，从牙椅所有点位抽吸的所有口腔内残渣、血液、水等物质，都会送到气水分离器中，然后使外部流入的风流以螺旋的方式输送到气水分离器中，可以更有效、更及时的清洁管道内壁的残留物，预防管道内的堵塞、制造管道内长时间通风状态，有效维持管道内干燥状态，从而抑制管壁内细菌病毒的繁殖，特别是通过管道自动消毒设备有效对气水分离器进行定期地、自动地清洗，减少了工作人员清洗气水分离器可能存在的感染风险。