本发明公开了一种医用消化内科消化内镜消毒装置，涉及到医疗器械技术领域，包括消毒本体、第一消毒腔室和第二消毒腔室，第一消毒腔室和第二消毒腔室沿消毒本体的中心线对称开设于消毒本体的内部，且第一消毒腔室和第二消毒腔室之间为隔断状。本发明结构合理，导液通道和喷射通道内部小直径的一侧的流速为逐级增加的状态，使喷射通道的内部水流喷射于放置于第二消毒腔室内部需要进行消毒的消化内镜的表面，将消化内镜的表面进行冲刷，将消化内镜表面的粘液进行充数于第二消毒腔室的内部，以此解决了由于夹持组和被夹持物之间的接触面无法对其进行清洗，大量粘稠性物体附着于被夹持物和夹持组之间，造成清洗不均匀的现象发生。