本发明涉及信息技术领域，具体涉及一种基于区块链的碳排放权与绿证联合交易系统，包括接入子系统、填单子系统、撮合子系统和结算子系统，企业将碳排放权和/或绿证转入接入子系统，向企业虚拟账户转入对应数量的通证，填单子系统接收企业的购买填单和出售填单，填单子系统提取购买填单和出售填单的哈希值上传区块链存储，撮合子系统生成划线单价，使得划线单价下成交的通证数量最多，结算子系统按照成交的购买填单和出售填单进行资金结算，并将相应的通证转入对应成交的购买企业的虚拟账户，企业通过接入子系统将通证兑换成数量相符的碳排放权或绿证。本发明的实质性效果是：能够有效提高成交量，减少企业因不能准确把握市场规律而蒙受的损失。