本发明公开了一种空压机和燃料电池系统，包括：电机组件，包括机壳、电机和转轴，电机的定子固定安装于机壳的内腔，电机的转子与转轴连接，转轴通过轴承组件安装于机壳的内腔，转轴在机壳的前端形成第一驱动端，转轴在机壳的后端形成第二驱动端；空气压缩机系统，设置于机壳的前端，并由转轴的第一驱动端驱动实现空气压缩；驱动器；风冷系统，包括冷却叶轮和风罩，冷却叶轮与转轴的第二驱动端连接，风罩与机壳连接，风罩罩在冷却叶轮外侧，风罩设有第一冷却进风口和冷却出风口，冷却出风口的冷却气体能够对机壳进行冷却，驱动器安装于第一冷却进风口的外侧。其将驱动器集成安装在空压机后端的风罩结构中，整机采用一体化设计，结构更加紧凑。