本发明涉及一种高层远距离真空负压吸附型废料收集系统，包括：负压发生装置，用于产生负压；与所述负压发生装置相连接的过滤净化装置，过滤净化装置包括：支撑架、净化罐、净化过滤组件、以及收集滤筒组件；负压收集装置，负压收集装置包括：固定架、罐体、检测模组、以及出料机构，罐体的上部分设有废料进料管，废料进料管上连接有若干对应不同楼层的进料支管；若干分别置于不同楼层的工作台，进料支管上连接有延伸至工作台的进料吸管；用于盛装出料机构排出的废料的废料收集装置；以及，中控平台。本发明能够减少对空气的二次污染，同时可以集中进行废料的清运，无需将饲养盒集中运输到清理室后再进行清理，整个清理过程更加便捷高效。