本发明公开了一种沉水植物净化毯与水下生态修复系统，沉水植物净化毯净化毯集合了水下生态系统中的生产者、分解者和消费者，包括：由上至下依次为沉水植物、螺贝、固定化微生物颗粒、栽植结合层、骨架密实层，沉水植物净化毯自成小型生态系统，能够高效净化水体水质。同时净化毯的骨架密实结构能够在特殊环境(无底泥，淤泥深，水位深，流速大等)下实现水下生态系统的稳定运行。沉水植物净化毯的培育需要稳定的培育池，本发明实现了快速批量培育沉水植物净化毯的可能性，大大提高了特殊环境下的水草存活率，缩短了施工时间，节省了成本。