一种多核嵌入式集成软件系统程序上传方法及系统，根据硬件间通信方式，实现第一层软件模块向其他硬件平台上的第二层软件模块的数据传输先将程序数据通过板间通信传给目标核，再由目标核的软件烧写模块将程序烧写入目标核的存储空间中；当第三层软件模块与第一层软件模块运行在不同的硬件平台上时，由第一层软件模块接收到外部数据后，先传输给与第三层软件模块在同一平台上的第二层软件模块暂存，再由第二层软件模块分包分别传输至第三层软件模块所在的芯片；第一层软件模块汇总接收各个软件模块的传输过程信息和上传结果，将过程信息和上传结果通过对外接口应答给外部设备。能够保证上传功能的可靠性和通用性，协议内容丰富全面适用范围广泛。