本发明公开了一种单据处理方法、查询方法、系统、设备和介质，所述基于知识图谱的单据处理方法包括：使用聚类算法对若干初始数据列进行聚类，以获得若干待处理数据列簇，所述若干数据列来自关系型数据库的至少两张数据表；计算所述待处理数据列簇之间的相似度，并将相似度最高的两个待处理数据列簇合并为目标数据列簇；若所述目标数据列簇中的任意两个数据列来自不同的数据表，则获取所述两个数据列对应的两张数据表，并在图数据库中生成所述两张数据表的节点之间的关联关系。本发明减少了人员的干预，缩短了项目的周期。