一种非关系型数据库的父子文档关联方法及系统，包括如下步骤，从关系型数据库收集、打包第一数据集，所述第一数据集包括其中的文档间的父子文档关系，将所述的第一数据集根据内容分解为，一个第一记录模块，若干第二记录模块，将所有第二记录模块的元数据信息保存至第一记录模块中，对第一记录模块增加一个父级标识，所述第一记录模块、第二记录模块存储到非关系型数据库中。通过上述方案，能够在整理关系型数据库的数据的时候，将关系型数据库的内容打包并迁移到非关系型数据库中，同时保留相关的关联关系，并通过元数据存储的方式方便在非关系型数据库中的查找操作。