本申请涉及一种抑菌除螨祛痘的组合物、其制备方法及其应用，属于日用化妆品领域。一种抑菌除螨祛痘的组合物，包括如下原料制成：甜菜碱盐酸盐6‑8份、亮氨酸甲酯盐酸盐12‑15份、蛋氨酸乙酯盐酸盐9‑12份、增稠剂8‑10份、丙三醇15‑18份、pH调节剂4‑6份、过氧化苯甲酰18‑20份、草本提取物27‑30份，水38‑45份。其应用为将抑菌除螨祛痘组合物以10‑20wt%的添加含量添加至日用化妆品中。本申请的抑菌除螨祛痘的组合物能够作为多种不同类型的日用化妆品进行添加应用，制得的日用化妆品具有抑菌、除螨、祛痘消炎等护肤功效，且起效温和，有利于皮肤屏障的修复，使皮肤恢复健康。