一种基于运营成本分析的水厂控制方法及系统，涉及水处理厂生产监控管理技术领域，能够有效减少制水成本并提高出水稳定性，保障城市居民饮用水安全。所述基于运营成本分析的水厂控制方法中，进行天气预测识别以预测判定当前天气是否为雨水天气；若非雨水天气，则进行水源参数监测并根据参数结果进行定量投矾，且在系统运行平稳时根据滤前水浊度微调投矾量；若是雨水天气，则通过流量仪测定进水流量并通过在线浊度仪测定进水浊度，且根据瞬时进水流量和进水浊度以及水源参数进行混凝剂投入，同时通过在线浊度仪测定混凝沉淀过滤后的水浊度；配水时，根据实时水压强度值调整水厂与各个城镇之间的水压强度，以实现水厂水源流量分配比的实时调整。