本发明提供一种基岩背板式锚注抗渗支护结构及其施工方法，该基岩背板式锚注抗渗支护结构包括：锚注防水背板，沿围岩全断面周边设置；粘结垫层，位于锚注防水背板与围岩之间；注浆锚杆部，沿锚注防水背板法向设置；其中，注浆锚杆部用于对基岩进行由里及外加固注浆；注浆锚杆部包括：锚杆部，具有注浆孔，用于钻进围岩进行锚固；注浆部，位于锚杆部内，且与锚杆部可伸缩连接，注浆部用于通过注浆孔向围岩注浆。本发明将克服壁后注浆的表面泄流问题与地下动水下浆液扩散不均稳的问题；克服工作面注浆围岩表面泄流和动水压力下的注浆难题；实现围岩岩体有效范围内的由里及外，内外反复加固注浆，提高了围岩抗渗和承载的双加固效果。