本发明提供了一种基于多云费用管理方法及系统。该方法包括：调用服务树系统的接口来查询服务器的事业部归属信息，并将事业部归属信息记录到事业部数据库；通过调用不同事业部所属的云账号的接口，获取不同事业部的账单，并将各个账单的费用、记录时间、价格、所属部门、服务树节点id数据信息记录到事业部数据库中；根据云账号下ecs的数量，定时计算不同事业部的费用分摊数据，并将得到的费用分摊数据存储到事业部数据库中。本发明提供的基于多云费用管理方法及系统解决了多云多账号的费用记录与数据入库、并且支持手动填报其他费用信息记录，还可以按照部门和事业部做自动费用计算。