本发明涉及蛋白质纯化技术领域，为了解决现有的蛋白质纯化装置在使用时存在过滤过程中膜污染程度较高的问题，公开了一种基于电膜过滤技术的蛋白质纯化装置及其方法，所述一种基于电膜过滤技术的蛋白质纯化装置，包括进液系统、发电系统、过滤系统和出液系统。本发明中基于电膜过滤技术纯化苹果皮中蛋白质的装置有效降低了过滤过程中的膜污染程度，延长了膜使用寿命，提升了膜过滤效果；本发明中基于电膜过滤技术纯化苹果皮中蛋白质的方法，有效的加快了膜过滤纯化速度且提升了蛋白质的纯度；本发明利用低压直流电膜过滤实现了选择性纯化苹果皮中蛋白质营养物，高精度的选择性分离了蛋白质和其他苹果皮中的营养物。