本发明公开了一种具有旁通支路控制的催化惰化系统及控制方法，属于飞机燃油箱防火抑爆技术领域，本发明还公开了其控制方法，具体原理为：将燃油箱上部气相空间的燃油蒸汽和空气混合物在催化反应器内进行低温催化反应，消耗氧气和燃油蒸汽生成二氧化碳和水蒸气，将反应后的混合惰气充入燃油箱进行惰化，达到燃油箱防火抑爆的目的。在系统初始预热阶段，或催化反应器温度过高时，通过控制旁通支路上切断阀的开关，可使催化反应器后的混合气体通过旁通支路形成内循环而不经过燃油箱，从而大大提高系统的安全性。具有流程简单、无污染、预热快、安全性高等优点。