本发明公开了一种厌氧条件下制备含光脱羧酶催化剂及烃类燃料的方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：第一步：将含有光脱羧酶基因的转基因工程菌株进行细胞裂解和酶纯化，在可见光及厌氧条件下进行分装，分别获得含光脱羧酶的破碎细胞和/或粗酶和/或纯酶；第二步：以助溶溶剂配制含脂肪酸的原料；第三步：将含脂肪酸的原料和含光脱羧酶的催化剂添加到反应器中，采用含氧气的惰性气体置换反应器中的空气，封闭反应器；第四步：采用含蓝光的光源照射反应器以启动反应，控制光源光强、反应器温度、pH值和反应时间，催化脂肪酸脱羧得到烃类燃料；本发明通过在厌氧条件下制备含高活性光脱羧酶催化剂，实现光脱羧酶高效催化脂肪酸脱羧制备烃类燃料，可广泛应用于新能源和环保等领域。