本发明公开了一种检测黄瓜CsPsy1基因SNP位点的分子标记及其应用，属于植物生物技术和分子育种领域。通过比对不同黄瓜材料中CsPsy1基因序列发现CsPsy1基因起始密码子上游第27核苷酸处在不同材料间有一个单核苷酸差异，根据此处的核苷酸差异设计得到一个基于PCR和酶切技术的分子标记SNP‑CsPsy1，其由SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列片段和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列片段组成，两者之间有一个T/C的单核苷酸差异。本发明中检测黄瓜CsPsy1基因SNP位点的分子标记具有高稳定性，可以快速、高通量的在黄瓜候选材料的任何阶段对CsPsy1基因的SNP位点进行检测，应用于黄瓜分子标记辅助育种实践。