本发明提供了一种聚合支付方法和系统。该方法适于通过聚合支付系统管理多个用户与多个支付机构的支付类业务，包括：导入多个用户的数据，为每个用户开设一个或多个虚拟户；将每个虚拟户的多个端口中的其中一个与待清分账户建立连接，并将多个端口中的一个或多个与选定的一个或多个支付机构的结算账户建立连接；接收待清分账户中流入资金的入金信息并生成入账单；接收用户的分账指令，并将待清分账户中的资金向与指定的虚拟户对应的结算账户转入资金，同时生成出账单；以及将出账单与入账单进行账单核对，若无误则对分账指令进行关账。该聚合支付方法和系统可以高效的连接用户和支付结构，实现高效率低成本的分账和对账。