本发明公开了一种宏病毒组新病毒鉴定方法，本发明涉及基因检测域。该宏病毒组新病毒鉴定方法，通过DNA提取：准备检测提取的不同的环境样品，以及环境样品的数量，并将取得的同质量的样品制备成菌液样本，将制备的若干份菌液样本进行DNA提取，使其满足宏基因组测序要求；连接接头序列：对待测基因组的DNA进行纯化处理，并对纯化后的DNA连接接头序列获得连接产物；文库制备、用引物对连接的DNA片段进行扩增，获得DNA测序文库、上机测序；能够无需通过微生物的分离纯化培养，就能够更加深入地对群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等方面进行研究，同时通过多组对比参数数据，提升了鉴定、研究效果。