本发明涉及一种用于洁净室的互锁门禁管理方法，采用用于洁净室的互锁门禁系统，方法包括：预设第一洁净室人数上限N、隔离时长T、第二洁净室人数上限M；第一门禁单元接收进入请求则对比n与N，n不小于N则拒绝；n小于N则允许；第一门禁单元接收离开请求则标记时间t1；第二门禁单元接收进入请求则记录请求时间t2，对比m与M，m不小于M则拒绝，m小于M则判断是否标记，若否则允许，若是则设t1到t2时长为t，对比t与T，t小于T，则拒绝，t不小于T，则允许。本发明可自动判断人员权限，防止洁净室环境被污染或交叉感染，提高安全性，同时还可减少人力资源浪费，提高使用便捷性。