本发明涉及一种双喷头小字符喷码机的控制系统，包括第一控制板、第二控制板、第一喷头、第二喷头、墨路系统、显示屏和信号传输机构，所述第一控制板和第二控制板之间通过信号传输机构相关联，第一控制板与第一喷头、显示屏和墨路系统相关联，第二控制板与第二喷头相关联，第一控制板和第二控制板均与外部传感设备相关联；所述第一控制板和第二控制板内均设有管理软件和打印软件，所述打印软件和管理软件之间可以进行数据沟通，所述管理软件包括打印软件管理模块、人机交互界面模块、外部接口通讯模块和墨路系统管理模块。所述控制系统可以实现一台喷码机同时对物体的两个面进行喷印，并且核心硬件实现了简化，降低成本，降低设备故障率。