本发明属于微生物发酵技术领域，公开了一种凝结芽孢杆菌菌剂及其制备方法与应用，具体公开了一种凝结芽孢杆菌菌剂的制备方法，包括如下步骤：将凝结芽孢杆菌接种于培养基中，培养，固液分离得到菌泥，干燥，即得到凝结芽孢杆菌菌剂，所述菌泥在干燥时无需添加任何保护剂。本发明提供了的凝结芽孢杆菌菌剂的制备方法，与传统的生产工艺相比，干燥前无需在凝结芽孢杆菌菌泥中添加任何保护剂(包被材料或载体)，即可获得活性稳定，产酶能力稳定的凝结芽孢杆菌菌剂，该制备方法操作简单，适应连续，可大规模的生产。