本发明公开了一种利用微生物固化盐桩处理软土地基的方法，其特征在于，包括以下步骤：在软土地基上标记钻孔位置并对应开设桩孔，向桩孔中放入外桩管；将菌液和尿素溶液混合均匀后加入氯化钙溶液，得到胶结溶液；向胶结溶液中加入粗盐颗粒，得混合浆液；将混合浆液灌注至外桩管中，至与软土地基表面平齐，待混合浆液固化后拔出外桩管，形成粗盐颗粒桩体；在软土地基表面由下至上铺设粗盐颗粒垫层、砂垫层，在砂垫层顶部施加预压荷载。本发明的方法利用粗盐颗粒作为桩体，可有效提高软土地基排水效率，并利用微生物固化粗盐颗粒，有效提高粗盐颗粒桩体的力学承载性能。