本发明涉及配电线路技术领域，公开了一种基于变分模态和奇异值分解的配网故障选线方法及系统，其方法通过检测各馈线的零序电流信号，以得到含有噪声的零序电流信号的馈线，通过采用变分模态分解算法对含有噪声的零序电流信号进行分解，得到多个固有模态分量，计算每个固有模态分量与零序电流信号的相关系数，以重新组成新的零序电流信号，对新的零序电流信号进行奇异值分解，并构造零序电流信号，再采用变分模态分解算法对重构后的零序电流信号进行分解，计算各个重构模态分量的模态成分能量，基于相对熵理论确定各个馈线的总的VDM能量相对熵，从而得到总的VDM能量相对熵最大的馈线为故障馈线，提高了配网故障选线判别的准确性。