本发明公开一种养殖废水处理系统，包括串联设置的升流式厌氧污泥床反应罐、好氧生物接触氧化池、曝气生物滤池和水生植物净化池，且升流式厌氧污泥床反应罐、好氧生物接触氧化池和曝气生物滤池被配置为设置在养殖废水处理系统的前三位并自由串联组合，而水生植物净化池被配置为设置在养殖废水处理系统的末位。本发明能克服传统生物处理方法在处理污染物浓度高且碳氮比低的养殖废水时，因碳源不足反硝化受阻导致总氮去除效果差的缺陷，能够有效去除有机物和氮、磷营养盐，因此可以很好地适用于处理污染物浓度高、碳氮比低的养殖废水或发酵沼液，且该养殖废水处理系统投资少、能耗低、运行管理简单、无二次污染对环境友好。