本发明公开了一种基于行程切换的深海矿物输送隔膜泵控制系统，包括隔膜泵以及开关阀模块，所述隔膜泵包括泵体、隔膜，所述泵体通过夹设固定在泵体上的隔膜分隔为左侧空间和右侧空间，所述开关阀模块包括机架、隔膜活动机构、四个按压式单向阀、一套驱动机构以及两套触发机构，按压式单向阀的压杆通过转动安装于压杆下方的滚轮实现和凸轮的接触。本发明通过滚轮和凸轮接触，不仅实现了面面接触，避免了凸轮、压杆的磨损，提高了凸轮的长期工作的稳定性和耐久性。本发明深海矿物输送隔膜泵控制系统触发的时机控制在隔膜的行程终点位置，使得隔膜泵不仅无需其他电力设备实现控制，并且各个阀门的状态变化时机准确。