本发明提供了一种在全基因组水平上预测植物生长发育转录因子调控的下游靶基因的方法，属于生物信息技术领域。本发明的方法基于植物转录因子的DAP‑seq测序数据，在全基因组中检测调控的启动子的Motif元件和位置，并以此为基础，预测转录因子下游调控的靶基因。本发明联合测序数据和生物信息学工具，大大增加了预测的精确度和通量，进而可在大数据量的基础上快速预测出靶基因，提高预测效率。并且本发明的方法普遍适用于植物学领域。